La pace di CATEAU CAMBRESIS (1559) consegna l'Italia al controllo spagnolo. I funzionari spagnoli amministrano direttamente il Regno di Napoli, quello della Sardegna, il Ducato di Milano e lo Stato dei Presidi sulla costa toscana. Ma subiscono l'egemonia spagnola anche Genova e il Gran Ducato di Toscana.
Solo la Repubblica di Venezia è ancora in grado di sviluppare una politica autonoma, ma talora è costretta ad appoggiarsi anch'essa alla Spagna per contrastare l'espansione Turca nel Mediterraneo (la battaglia di Lepanto avverrà nel 1571).
Quanto allo Stato della Chiesa aveva bisogno della Spagna per avvalersi della sua forza militare e politica nella campagna contro la Riforma Luterana ed i protestanti.
 L'affermazione della Riforma Luterana, il malcontento e le proteste nei confronti della corruzione della Chiesa avevano indotto una parte consistente del mondo ecclesiastico e dei semplici fedeli a vedere in un grande concilio l'occasione per una riunificazione dei cristiani e di una purificazione dei costumi religiosi.
Nel 1545 indetto da Papa Paolo III si aprì il Concilio a Trento, al confine con il mondo germanico sperando ancora in una generale riconciliazione.
Il Concilio segnò soprattutto il trionfo di quella parte della Chiesa che mirava a porre un argine all'espansione della Riforma Luterana e a combattere inflessibilmente l'eresia e si risolse più in una complessa ristrutturazione della Chiesa di tipo organizzativo che in un profondo rinnovamento.
Il Concilio di Trento (1545-1563), approvando la "Professio Fidei Tridentinae" (1564) e il "Catechismo Romano" (1566), definì in modo rigido il confine tra verità ed errore, lecito ed illecito.
Per imporre il primo aspetto e liquidare il secondo la Chiesa si servì del "braccio secolare" offerto dalla Spagna (alleanza tra Trono e Altare) ed istituì organismi di severo controllo: la "Congregazione del Santo Uffizio", che poteva intervenire direttamente in tutti gli Stati cattolici che ne accettavano il tribunale per reprimere ogni forma di devianza o di eresia e la "Sacra Congregazione dell'Indice", che esercitava una censura repressiva sulle pubblicazioni a stampa attraverso la concessione dell '"Imprimatur" e la compilazione dell' "Indice dei libri proibiti".
 Il Concilio di Trento individuò anche con chiarezza, le linee portanti della impalcatura culturale, religiosa, filosofica, scientifica a cui la Chiesa doveva appoggiarsi. L'Aristotelismo e il Tomismo divennero la dottrina ufficiale della Chiesa.
Quindi si confermò che la "Verità" già si conosce: è espressa nella Sacra Bibbia e rivelata dagli autori insigni (Aristotele, San Tommaso).
Si conferma così l'ossequio all' "Ipse Dixit" (lo ha detto l'autore) e alla capacità di conoscenza della realtà, della deduzione (dall'universale al particolare).
I Filosofi, gli Scienziati hanno come compito solo quello di trovare le prove di una Verità che già si conosce; tutto quello che non concorda con la Verità conosciuta è falso ed eretico.
La Chiesa post-tridentina mette in atto un'organizzazione capillare della società allo scopo di controllarla ideologicamente, di uniformarla, organizzandone il consenso non solo ad un insieme di dottrine e di regole, ma ad un complessivo modello di vita e di condotta.
Strumento specifico per ottenere questo consenso, fu l'intervento diretto della Chiesa sull'educazione familiare e scolastica e la proposta di una nuova pedagogia: alla pedagogia del gioco degli Umanisti si contrappose  la pedagogia della sorveglianza basata sul precetto "tutto deve essere appreso per regola".
Nel campo della scuola fu decisiva l'azione dei GESUITI, ordine fondato nel 1534, che attraverso i loro collegi per quasi due secoli formeranno le classi dirigenti europee e giunsero rapidamente a controllare l'educazione di tutto il mondo cattolico.
Contemporaneamente nella prima metà del 1500 (il "De revolutionibus" fu pubblicato nel 1543) Copernico "esponeva a Roma la sua ipotesi davanti a un uditorio di 2000 persone:
"il sole occupa il centro del nostro sistema planetario, intorno ad esso si aggirano Mercurio, Venere, la Terra, Marte, Giove e Saturno, ed il tutto è terminato dal cielo delle stelle fisse. I Pianeti vanno da occidente a oriente e la luna gira attorno alla Terra, la quale cotidianamente si rivolge intorno al suo asse"
(Leopardi "Storia dell'astronomia")

   

Si narra che il martedì grasso del 1632, nelle piazze d'Italia girava questa stornellata popolare: "il saggio Galileo / diede un'occhiata al cielo / e disse: "Nella Genesi non c'è nulla di vero!" / bel coraggio! Non è cosa da poco: / oggi queste eresie / si diffondono come malattie. / Che resta se si cambia la Scrittura? / Ognuno dice e fa quel che gli comoda / senza aver più paura. / Se certe idee fan presa, gente mia, / cosa può capitare? Non ci saran più chierici alla messa, / le serve il letto non vorranno più fare / ..Brutta storia! Non è cosa da poco / il libero pensiero è attaccaticcio / come un epidemia. /Dolce è la vita, l'uomo irragionevole, / e tanto per cambiare far quel che ci talenta è assai piacevole! Pover uomo che dall'età remota / obbedisce al Vangelo e a chi governa / e porgi l'altra gota / per conquistar la ricompensa eterna, / per obbedire più, diventa saggio: / è tempo ormai di vivere ciascuno a suo vantaggio / Mentre il cantastorie si ferma, ecco apparire un fantoccio di grandezza superiore all'umana, Galilei che si inchina verso il pubblico. Davanti a lui un bimbo porta una gigantesca Bibbia aperta, dalle pagine cancellate, e il cantastorie riprende: "ecco Galileo Galilei l'ammazza-Bibbia! "
(B.Brecht: Vita di Galileo.)